Trong số bốn anh em nhà họ Ngô kiểm soát các vấn đề đối nội của Việt Nam (không bao gồm Ngô Đình Luyện), Ngô Đình Cẩn được đánh giá là người thế tục nhất. Sau khi ông Thục được Tòa Thánh Vatican bổ nhiệm làm Tổng giám mục Tổng giáo phận Huế, ông Cẩn dần dần đánh mất ảnh hưởng do ông Thục mạnh tay xóa mờ ranh giới giữa Giáo hội Công giáo và nhà nước. Đầu năm 1963, ông Nhu cử một phái viên từ Sài Gòn ra Huế bảo ông Cẩn nghỉ hưu rồi chuẩn bị mà lên đường sang Nhật.[44] Tuy nhiên, bất ổn nhanh chóng bùng nổ trên khắp lãnh thổ Việt Nam Cộng hòa vào mùa hè năm 1963. Sau khi cờ Tòa Thánh được treo lên nhân dịp đại lễ mừng Ngân khánh, kỷ niệm 25 năm ngày tấn phong ông Thục làm Giám mục, thì cờ Phật giáo lại bị cấm treo tại lễ Phật Đản kỷ niệm ngày sinh của Phật Thích-Ca Mâu-Ni diễn ra 4 ngày sau đó, tức ngày 8 tháng 5.[45] Bản thân ông Cẩn không kỳ thị Phật giáo, có mối quan hệ thân thích với giới lãnh đạo Phật giáo như Thượng toạ Thích Trí Quang.[46] Tuy nhiên, tại ngày lễ Phật Đản và cấp dưới của ông Cẩn đã ra lệnh cho lực lượng chính phủ nã súng vào đám đông Phật tử không vũ trang biểu tình phản đối lệnh cấm khiến 9 người thiệt mạng.[39] Ngô Đình Cẩn khi ấy tin rằng thế lực đứng sau vụ xả súng vào ngày 8 tháng 5 trên thực tế là Hoa Kỳ. Lúc bấy giờ, quốc gia này có mối quan hệ căng thẳng với Việt Nam Cộng hòa khiến ông tin rằng họ đang cố tình làm lung lay chế độ do gia đình họ Ngô nắm quyền.[47]

Một sự cố tôn giáo đáng chú ý khác đã xảy ra không lâu sau đó tại lãnh địa của ông Cẩn. Người ta phát hiện một con cá chép to lớn bất thường bơi trong một cái ao nhỏ gần trung tâm Đà Nẵng. Các phật tử địa phương khi đó cho rằng con cá chép này là một Đệ tử của Đức Phật hóa kiếp mà thành.[48] Khi các cuộc hành hương đến ao viếng cá chép trở nên thường xuyên và ngày càng mở rộng quy mô, giới chức địa phương dưới quyền ông Cẩn bắt đầu cảm thấy bất an. Các cơ quan thực thi pháp luật địa phương đã sử dụng nhiều cách, từ đánh mìn cho đến sử dụng súng máy bắn vào ao, nhưng tuyệt nhiên vẫn không giết được con cá. Để xử lý con cá chép gan lì này, họ đành phải mời Lực lượng Đặc biệt Việt Nam Cộng hòa do Đại tá Lê Quang Tung chỉ huy dưới quyền ông Nhu. Quân đội ném lựu đạn vào ao và cuối cùng cũng đã giết được con cá. Việc tổ chức tiêu diệt một con cá như vậy đã vô tình tạo ra tác động ngoài ý muốn khi những câu chuyện xung quanh con cá chép thần kỳ được giới báo chí trong nước lẫn quốc tế đưa tin. Lính nhảy dù Quân lực Việt Nam Cộng hòa (QLVNCH) đi cùng máy bay trực thăng sau khi hạ cánh xuống địa điểm này đã múc nước đổ đầy vào chai vì tin là nước trong ao có phép.[48]